BSI是全球第一个提出基于液相质谱技术，应用多肽从头测序算法，全自动进行抗体测序组装的技术方法的公司，自2015 年发明蛋白从头测序质谱全自动分析技术，并提供抗体从头测序服务以来，BSI团队不断优化基于深度学习的肽段从头测序技术，PEAKS的de novo 和现在的DeepNovo多肽/蛋白从头测序技术是行业的标杆性算法。

BSI在 2017年率先将deep learning的技术引入蛋白质组学的领域，实现了将以算法为核心的从头测序技术，改变为以深度学习网络为核心的蛋白序列测定。针对于该技术相关的工作分别于2018年和2020年提交专利申请，2023年，BSI喜获“基于深度学习的肽段从头测序”两项美国专利。这两项专利也应用在抗体/蛋白从头测序技术，以及以免疫多肽组学为基础的新生抗原发现。