服务项目列表



抗体/蛋白从头测序

  • 服务介绍

多肽(10-50AA)、重组蛋白、纳米抗体(15kDa)、单克隆抗体(150kDa)、多克隆抗体等蛋白分子的一级结构是发挥其生物学功能的核心,因此,对蛋白质完整序列准确快速的分析有助于未知蛋白质的功能研究。相比传统的数据库搜索法和Edman降解,基于质谱的从头测序可以不借助任何蛋白质或者DNA数据库信息,直接对蛋白质的序列进行分析。

百蓁生物拥有BSI授权的质谱抗体测序技术、自主知识产权的PEAKS 系列分析软件和经验丰富的专业技术服务团队。目前,我们的标准程序结合了自上而下和自下而上的质谱技术,确保了每一个氨基酸的正确性和全抗体的序列精度,包括N末端及C末端的修饰和N-连接的聚糖,可弥补传统蛋白质鉴定方法在未知蛋白质序列和突变分析上的不足。

  • 服务类型
  • 经典测序
  • 最快 7 个工作日内可交付抗体全长氨基酸序列,正式报告包含报告实验过程、蛋白序列、二级图谱支撑、I/L 区分列表等信息。
  • 活性保证测序 New
  • 依据测序获得的抗体序列,进行构建表达纯化,交付 3 mg 重组抗体;客户验证抗体活性成功后,交付抗体全长测序报告;项目周期 6 周。
  • 技术流程
  • 服务优势

1. 高可信度图谱支撑:每个位点的氨基酸有超过十种不同的肽段支持,每个氨基酸在质谱里有强的离子片段峰证据;

2. 完整抗体质量核对:进行重链和轻链的完整质量测定,以确认组装的抗体序列,包括N末端焦谷氨酸环化修饰,重链C末端赖氨酸丢失和N-连接的寡糖;

3. 亮氨酸(L)和异亮氨酸(I)区分:1)EThcD中的w-ion检测、2)酶裂解选择性、3)同源性统计数据,以明确区分Leu / Ile残基;

图 | 利用EThcD 谱中的诊断离子区别亮氨酸(L)和异亮氨酸(I)
图 | 利用胰凝乳蛋白酶或胃蛋白酶对亮氨酸(L)的优选选择性
图 | I/L 区分的三重验证

4. 无需理论参比序列,并且可以直接对含有2个主要成分的多克隆抗体进行直接的从头测序分析。

  • 应用领域

1. 多肽药物、重组蛋白、单抗、双抗、多抗(n=2)、纳米抗体、Fab/Fc、交联抗体等未知蛋白的从头测序;

2. 抗体药物研发以及生产过程的质控。

  • 样品要求及交付标准
送样要求 蛋白样品≥100 ug
项目周期 7-14个工作日
交付标准 出具正式报告,报告实验过程、蛋白序列、二级图谱支撑、I/L区分列表。

多克隆抗体测序

  • 服务介绍

多克隆抗体(n≥3) 能够与多个表位结合,具有高灵敏度、高亲和力的结合、但其供应量有限而且批次间差异较大。通过对免疫动物血清中多抗的测序,可以在体外通过重组合成获得与抗原结合最多的单克隆抗体,具有高重现性和可预测的生物活性,具有十分重要的应用。

  • 技术流程
  • 服务优势

1. 多种分离策略结合保证多抗样品的有效分离;

2. 全球第一个抗体全自动化组装软件PEAKS AB,拥有独特的de novo从头测序算法和强大的数据挖掘能力;

3. 完整分子量验证。

  • 样品要求及交付标准
送样要求 样品≥2 mg
项目周期 30个工作日
交付标准 出具正式报告,报告提供测序得到的多个单克隆抗体序列及轻链和重链配对信息。


抗体表征服务概述

正确的分子结构是保证抗体药物安全、有效的物质基础。质量研究中对抗体药物进行全面的表征研究是进行质量控制的重要手段。因此,国内外关于抗体药物研发的指导原则均强调,抗体药物的表征研究应采用现有先进的分析手段,从物理化学、免疫学、生物学等角度对产品进行全面的分析,并提供尽可能详细的信息以反映目标产品内在的质量属性。

  • 抗体表征服务项目

肽图分析

  • 服务介绍

肽图分析(peptide mapping)是蛋白多肽药物质量控制的重要手段之一,不但可以比较重组与天然蛋白质结果之间的同一性、重组产物中是否存在翻译后修饰及未知氨基酸的变异等,而且不同批次产品的肽图比较可验证工艺过程的稳定性,因此,对于蛋白质类药物结构研究和特性鉴别具有重要意义,已成为蛋白多肽类药物质量标准控制的常规指标之一。我们将根据客户需求,制定方案酶解样品,肽段进入质谱进行检测,利用PEAKS AB软件确认肽图中所对应的肽段详细信息,包括序列、翻译后修饰、突变等。

  • 技术流程
  • 服务优势

1. 多酶解样品前处理技术,肽图覆盖度高达100%;

2. 可提供翻译后修饰类型以及定量结果等信息;

3. 氨基酸突变位点定量检测限达0.1%。

  • 样品要求及交付标准
送样要求 蛋白样品≥100 ug,纯度90%以上;提供蛋白质氨基酸序列。
项目周期 14个工作日
交付标准 出具正式报告,报告提供供试品肽段覆盖率及序列覆盖图。

质谱N端/C端测序

  • 服务介绍

蛋白质的生物合成起始于N端,蛋白质的C端易发生剪切,这对生物学功能有着巨大的影响,且N端/C端可发生多种翻译后修饰,与蛋白质的功能和稳定性息息相关。因此,对于蛋白质N端/C端序列的分析,有利于帮助分析蛋白质的高级结构,揭示蛋白质的生物学功能。我们采用质谱法对N端/C端进行测序,避免了N端/C端封闭或修饰位点的干扰,可提供10-20个氨基酸的肽段序列。

  • 技术流程
  • 服务优势

1. 保证每个位点的氨基酸100%的准确性:每个氨基酸有超过十种不同的肽段支持,每个氨基酸在质谱图里有强的离子片段峰证据;

2. 能准确区分亮氨酸(L)和异亮氨酸(I)。

图 | N端测序结果及二级图谱支撑
  • 样品要求及交付标准
送样要求 蛋白样品≥100 ug,纯度90%以上;提供蛋白质氨基酸序列。
项目周期 14个工作日
交付标准 出具正式报告,报告提供100%准确性的N端/C端20个氨基酸序列、二级图谱支撑。

精确分子量检测

  • 服务介绍

精确蛋白分子量有助于抗体序列验证,有助于蛋白药物表征,相对分子质量作为蛋白质样品的主要特征参数之一,是确定一种新型蛋白质、进行蛋白质后续研究的重要前提。我们使用质谱分析技术得到多电荷信号,利用 PEAKS ID对信号进行去卷积分析,可获得精确分子量数值。

  • 技术流程
  • 服务优势

1.采用Orbitrap Eclipse质谱仪,可提供超高分辨率、高灵敏度和高质量精度的检测;

2.使用PEAKS ID 软件对信号进行去卷积分析及对蛋白质翻译后修饰自动注释(如糖基化、二硫键、N端焦谷氨酸环化、C端赖氨酸丢失等),获得高质量的精确分子量;

3.采用middle-down方法可获得特定肽段的分子量(如Fab、Fc、Fd亚基结构)。

图 | 精确分子量分析步骤图
  • 样品要求及交付标准
送样要求 蛋白样品≥100 ug
项目周期 14个工作日
交付标准 出具正式报告,报告提供完整分子量、还原分子量、完整脱糖分子量、还原脱糖分子量、亚结构片段分子量等信息。

糖基化表征分析

  • 服务介绍

在众多的蛋白质翻译后修饰中,糖基化是最常见的,但也是最复杂的翻译后修饰之一。蛋白的糖基化在细胞信号传导、宿主-病原体相互作用、免疫反应等特定生物过程中发挥着至关重要的作用[1],因此糖基化位点及该位点糖型分析具有十分重要的意义。

百蓁生物采用优化的完整糖肽质谱分析技术,和特有的PEAKS GlycanFinder糖蛋白质组质谱数据分析软件,可以对复杂样品的完整糖肽进行鉴定和相对定量分析,包括糖基化位点,糖型分析,糖结构分析,提供糖基化修饰的全局视角,也可以超越糖数据库以外,对糖肽的多糖进行从头测序分析。

  • 技术流程
图 | 糖基化分析技术流程图
  • 服务优势

1.直接检测糖肽,无需切糖;

2.直接鉴定糖基化位点,无需标记;

图 | 糖基化位点分析结果展示

3.可以提供每个糖基化位点的糖型分布以及相对含量比例的统计;

图 | 糖型分布分析结果展示

4.样本之间糖基化非标定量分析;

图 | 糖型定量分析结果展示

5.我们的服务可以准确地分析目标蛋白中糖基化位点所对应的糖型,检测灵敏度高,准确性好。

(1)Liu S等人员使用血液纯化后的抗体样本鉴定到了22种糖型[2],基于同样的样本我们的流程鉴定到31种糖型(下图所示),糖型的鉴定数目有40%的提升比例;

表 | 人血液样品中糖型鉴定的结果

(2)我们的流程可以明显的区分不同抗体亚型的糖基化(下图所示),已报道的研究结果对个别IgG抗体类型是区分不开的或鉴定不到[3]

图 | 人IgG不同亚型的糖基化
  • 应用领域
  1. 糖基化蛋白中N-糖基化位点与糖型定性定量的分析
  2. 糖基化蛋白中O-糖基化位点与糖型定性定量的分析
  • 样品要求及交付标准
送样要求 蛋白样品量≥100 ug,纯度90%以上;提供蛋白质氨基酸序列。
项目周期 14个工作日
交付标准 出具正式报告,报告提供抗体所有的糖基化位点、糖肽位点特异性信息或寡糖结构以及糖型的定量等信息。

参考文献
[1] Watanabe Y, Allen JD, Wrapp D, et al. Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike. Science, 2020, 369:330-333.

[2] Liu S, Fu Y, Huang Z, et al. A comprehensive analysis of subclass-specific IgG glycosylation in colorectal cancer progression by nanoLC-MS/MS. Analyst, 2020, 145(8):3136-3147.

[3] Momčilović A, de Haan N, Hipgrave Ederveen AL, et al. Simultaneous Immunoglobulin A and G Glycopeptide Profiling for High-Throughput Applications. Anal Chem, 2020, 92(6):4518-4526.


二硫键配对分析

  • 服务介绍

蛋白质通过各种链间和链内的半胱氨酸连接在一起,对蛋白质分子保持正确的高级结构、维持必要的生命活性至关重要。因此在蛋白质药物的生物化学分析中,二硫键一直是关注的重点。我们将对样品进行还原与非还原及多酶解处理后经过质谱分析,利用PEAKS系列软件定位二硫键位点及连接方式等信息。

  • 技术流程
  • 服务优势

1、定位二硫键连接方式;

2、报告所有的二硫键/三硫键的位点;

3、展示模拟的抗体结构示意图。

图 | 还原条件下和非还原条件下二硫键肽段二级质谱图
左图 | 鉴定到的单抗二硫键肽段列表
右图 | 二硫键连接方式和结构模拟图
  • 样品要求及交付标准
送样要求 蛋白样品≥100 ug,纯度90%以上;提供蛋白质氨基酸序列。
项目周期 14个工作日
交付标准  出具正式报告,报告提供抗体所有预期的二硫键配对信息以及未知的配对和错配信息、二级质谱图数据支持、相对丰度、鉴定到的单抗二硫键肽段列表、二硫键连接接方式和结构模拟图(单抗样品)等信息。

宿主蛋白残留分析

  • 服务介绍

宿主细胞蛋白是生物制品生产过程中来自宿主表达系统的低水平相关杂质,可能影响产品质量安全性及稳定性。国际协调会议(ICH)指南Q11将HCP确定为关键质量属性,法规指南要求必须监控和管理HCP水平至可接受水平。因此在蛋白质药物的生物化学分析中,HCP残留分析是重要组成部分。

  • 技术流程
  • 服务优势

1. 与传统的ELISA、2D方法相比,液相质谱联用的方法具有开发时间短,可特异性地对所有HCP进行确证和定量,对所有杂质蛋白质无偏性检测,且方法动态范围高(可达6个数量级),方法调整快等优点;

2. 蛋白质不需要进行标记,所需样品总量少,耗费低。

  • 案例分享

供试品蛋白通过LC-MS 分析后搜索数据库鉴定到80 余种宿主蛋白,下图为目的蛋白和部分宿主蛋白的相对含量信息。

表 | 目的蛋白和部分宿主蛋白的相对含量信息
  • 样品要求及交付标准
送样要求 蛋白样品≥100 ug
项目周期 14个工作日
交付标准 出具正式报告,包括鉴定到的宿主蛋白的种类、特征肽段数量、相对定量信息。


还原ADC药物载样量分析

  • 服务介绍

ADC(Antibody drug conjugate) 是将单克隆抗体通过偶联臂(linker) 与小分子药物共价偶联形成的复合物。目前市场上较多ADC 药物是小分子与单抗上氨基酸(主要是Lysine 和Cysteine)活性基团随机偶联产生,导致药物小分子与单抗结合个数(DAR) 和药物小分子在单抗上的分布(DLD) 具有异质性。
DAR 是描述ADCs 特征的一个重要理化参数,属于ADC 药物开发的关键质量属性(CQA),它决定了小分子药物的载量,同时影响着ADCs 安全性和有效性。

DAR 的分析包括2 个方面,一是平均DAR 值,即测定体系中总的药物分子和抗体分子的摩尔浓度之比;二是DAR的分布,即具有不同DAR 的ADC 分子分别占总的ADC 分子的比例。通过对ADC 还原切糖后,用UPLC-HRMS 方法测分子量,对不同组分进行面积定量,计算出平均DAR 值和DAR 分布。
DLD 的异质性也是影响ADC 异质性的重要组分,DLD 的分析通过对ADC 还原切糖后,用UPLC-HRMS 方法测分子量,通过对不同组分分子量分析,得出DLD 结果。

百蓁生物采用高效液相—高分辨质谱法分析DAR 和DLD,相比UV 检测等方法,具有灵敏度更高、特异性和准确性更强的优势。

  • 技术流程
  • 服务优势
  1. MAM(Multi-Attribute Method)分析流程满足更高效、更多元化的分析目标
    ◇ 对于Lysine-/Cysteine link-ADC药物开发特定的分离检测方法,确保得到精准的结果;
    ◇ MAM分析流程在一次实验满足多个分析目标,减少样本量,提高了效率。
  2. 高端的质谱仪器确保DAR分析的特异性和准确度;
    ◇ Thermo Orbitrap Tribid Eclipse 质谱仪以超高的分辨率和扫描速度加快数据采集速度,提高了检测的准确度。
  3. 专业化的售前售后服务团队,确保项目分析全流程的高效、可靠
    ◇ 专业化团队与流畅的服务流程确保了高质快速服务;
    ◇ 14工作日内交付报告。
  • 样品要求及交付标准
送样要求 1)样本新鲜制备,纯度90%以上(SDS-PAGE);
2)样本保存在稳定缓冲液中,且不含甘油、SDS等物质;
3)样本量不小于100ug (BCA assay);
4)单抗氨基酸序列,linker-drug结构式。
项目周期 14个工作日
交付标准 出具正式报告,包括DC还原后分子量及丰度信息,平均DAR值。

ADC 药物位点分析

  • 服务介绍

ADC 药物的payload 结合位点对于ADC 理化性质影响很大,且payload 结合位点分析有助于深入理解payload 结合效率。
我们将蛋白酶解后,进入质谱分析,利用PEAKS 软件内置的Deepnovo 算法分析数据,充分考虑payload-linker 在质谱中发生碎裂等因素,优化数据分析流程,得出确切的payload 结合位点。

  • 技术流程
  • 服务优势
  1. 优化前处理分析流程确保payload在分析中较为稳定
    ◇ 根据payload-linker类型选择合适前处理分析条件;
    ◇ 根据序列特点选择合适的蛋白酶。
  2. 高端的质谱仪器确保payload结合位点分析的准确
    ◇ Thermo Orbitrap Tribid Eclipse 质谱仪以超高的分辨率和扫描速度加快数据采集速度,提高了检测的准确度,其中HCD, ETD,EThcD多元化的碎裂方式为获得合适的位点肽段鉴定提供丰富的选择。
  3. 独特的数据分析流程确保结合位点正确性
    ◇ PEAKS软件内置的DeepNovo算法,能深度挖掘到数据库比对不到的谱图;
    ◇ Payload碎片作为特征离子,排除谱图假阳性。
  4. 专业化的售前售后服务团队,确保项目分析全流程的高效、可靠
    ◇ 专业化团队与流畅的服务流程确保了高质快速服务;
    ◇ 14工作日内交付报告。
  • 样品要求及交付标准
送样要求 1)样本新鲜制备,纯度90%以上(SDS-PAGE);
2)样本保存在缓冲液中,不含甘油、SDS等物质,或制备后冻干;
3)样本低温保存在-80℃,干冰寄送;
4)样本量不小于50ug (BCA assay);
5)单抗氨基酸序列,linker—payload分子结构,分子式,反应过程,反应的氨基酸位点。
项目周期 14个工作日
交付标准 出具正式报告,报告提供payload结合的所有可信的位点肽段,二级质谱图等信息。


肿瘤新抗原发现

  • 服务介绍

利用 T 细胞靶向和杀死特定的癌细胞类型(即免疫疗法)已成为新型癌症疗法的前沿, CAR-T 疗法已在多种适应症中显示出显著的疗效,但在靶向实体瘤、功能持久性、肿瘤逃逸和避免复发方面仍需改进。越来越多的研究强调了新抗原与 T 细胞识别癌细胞之间的关系。针对新抗原开发的疫苗现在正用于各种实体瘤的临床试验。

新抗原(Neoantigen)是一类由肿瘤细胞突变而产生的肿瘤特异性抗原。它主要在肿瘤细胞中表达新抗原,也可以通过病毒感染、可变剪接和基因重排产生。它们是 T 细胞识别癌细胞的理想靶标,可以激发强烈的抗肿瘤免疫反应。

图 | 肿瘤新抗原与 T 细胞

新抗原对个体患者的肿瘤具有高度特异性,基于触发针对新抗原的de novo T 细胞反应的个性化疫苗加速了肿瘤患者个体化免疫治疗的发展。

新抗原的鉴定、筛选是基于新抗原的免疫疗法的关键环节之一。BSI 在2020年首次报道了个体免疫肽组的个性化深度学习以识别癌症疫苗的新抗原,大大提高了发现具有免疫原活性的新抗原的效率[1]。百蓁生物应用此技术致力于以最短的项目周期为客户提供发现新抗原服务。

  • 技术流程及优势
图 | 基于DeepImmu平台发现肿瘤新抗原的技术流程图

百蓁生物运用DeepImmu平台为客户提供一个从样品处理到新抗原发现的完整解决方案:首先进行免疫肽组分析(点击了解相关服务),再利用特有的AI算法发现新抗原,并对免疫原性进行预测,为下游的细胞学靶点验证提供更精准的新抗原候选列表。

DeepImmu是以个性化DeepNovo® 算法为核心独有的肿瘤新抗原分析平台,从蛋白质组学质谱技术出发,结合快速和精确的DeepNovo® 算法,使用高灵敏度的质谱仪加速免疫治疗的研发进程。作为多肽和蛋白从头测序的行业先驱者之一,DeepNovo® 算法是BSI研究团队在2017年发表的世界首个应用深度学习对多肽序列从头预测的算法[2],并且在过去近4年的时间,该算法也从DDA的采集模式,到对DIA数据采集模式首创从头测序[3],再到加入离子淌度维度信息和摆脱对质谱仪的质量精度依赖的改进算法[4]。DeepImmuTM是以个性化DeepNovo® 算法为核心发展的独有的肿瘤新抗原分析平台,个性化深度学习技术提高了从头测序的精度[1]

  • 服务流程

1. 项目咨询

  • 充分沟通以确保了解研究目的
  • 提供专业的新抗原发现研究策略与建议
  • 专业科学团队制定详细项目研究计划方案
  • 针对商定的研究计划制定服务合同

2. 项目执行

  • 针对研究项目的特点来指定合适的项目负责人
  • 收到样品后及时启动项目以确保按时交付结果
  • 执行严格的项目研究全过程质控标准
  • 定期更新并反馈项目研究进度

3. 项目交付

  • 出具详细的方法描述和深入的研究报告
  • 提供丰富的数据分析包和可行性建议
  • 为服务项目后续研究提供指导
  • 样品要求
样品类型 细胞 组织 血液
样品用量 不少于1×107个细胞 50-500 mg新鲜冷冻组织 15 mL血液

参考文献
[1]Tran, N.H., Qiao, R., Xin, L. et al. Personalized deep learning of individual immunopeptidomes to identify neoantigens for cancer vaccines. Nat Mach Intell 2, 764–771 (2020)
[2]Tran NH, Qiao R Xin L, Chen X, Liu C, Zhang X, Shan B, Ghodsi A, Li M. Deep learning enables de novo peptide sequencing from data-independent-acquistion mass spectrometry. Nature Methods. 16(1), 63-66. 20/12/2018.
[3]Tran NH, Zhang X, Xin L, Shan B, Li M. De novo peptide sequencing by deep learning. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114(29). 18/7/2017.
[4]Qiao, R., Tran, N.H., Xin, L. et al. Computationally instrument-resolution-independent de novo peptide sequencing for high-resolution devices. Nat Mach Intell (2021)



免疫肽组分析

  • 服务介绍

免疫肽组是指对有核细胞在参与抗原呈递途径中的MHC I类或II类蛋白质(Major Histocompatibility Complex ,也叫主要组织相容性复合体,如人类MHC的表达产物HLA,Human Leukocyte Antigen)上呈递全部多肽的研究,对于探究了解细胞介导和体液反应中的免疫原性表位至关重要。

免疫肽组分析是对 I 类和 II 类免疫肽的动力学和组成的研究,不仅能够发现个性化癌症免疫疗法的靶点(例如来自肿瘤特异性突变的新抗原或肿瘤相关抗原),还有助于开发新的mRNA /多肽疫苗和免疫细胞疗法。

图 | HLA-I呈递途径及典型&非典型抗原肽产生过程

BSI公司在2021年报道了AI-助力质谱技术平台DeepImmu (X. Chen, et al. USHUPO, 2021) 用于免疫肽组分析,百蓁生物基于DeepImmu技术平台致力于在高效的项目实施周期下为客户提供可靠的结果。

百蓁生物运用高灵敏、高通量的免疫肽富集和鉴定技术为客户提供一站式免疫肽组分析服务解决方案,可识别与药物发现研究相关的 10,000 多种 I 类和 10,000 多种 II 类肽,DeepImmu技术平台在降低了样品量的同时能够可重复地鉴定并定量出尽可能多的免疫肽。

  • 技术流程及优势

百蓁生物采用AI驱动的质谱技术平台DeepImmu进行免疫肽组分析,与常用的NGS结合计算机预测技术和质谱结合外显子测序技术相比,该技术的优势
1、基于质谱的肽段鉴定方法可以更直接、准确地鉴定到免疫肽; 
2、质谱数据de novo从头测序技术,不依赖于已有数据库,可以发现更多的非典型免疫肽;
3、可以分析NGS技术无法获得的免疫肽潜在翻译后修饰信息;
4、特有的AI算法,不依赖于个性化测序,提高了免疫肽组分析的效率。

图 | 检测数据展示1
图 | 检测数据展示2
  • 服务流程

1. 项目咨询

  • 充分沟通以确保了解研究目的
  • 提供专业的免疫肽组学研究策略与建议
  • 专业科学团队制定详细项目研究计划方案
  • 针对商定的研究计划制定服务合同

2. 项目执行

  • 针对研究项目的特点来指定合适的项目负责人
  • 收到样品后及时启动项目以确保按时交付结果
  • 执行严格的项目研究全过程质控标准
  • 定期更新并反馈项目研究进度

3. 项目交付

  • 出具详细的方法描述和深入的研究报告
  • 提供丰富的数据分析包和可行性建议
  • 为服务项目后续研究提供指导
  • 样品要求
样品类型 细胞 组织 血液
样品用量 不少于1×107个细胞 50-500 mg新鲜冷冻组织 15 mL血液